持有執(zhí)業(yè)藥師證書的人員可以在藥店執(zhí)業(yè)、售藥，可以評定職稱，可以升職加薪或自己開店，可以申請個稅專項扣除。根據(jù)相關規(guī)定，有執(zhí)業(yè)藥師證才可以為患者提供藥品咨詢和藥事服務，有執(zhí)業(yè)中藥師證才可以賣中藥飲片，零售藥店和醫(yī)院藥房營業(yè)期間必須由執(zhí)業(yè)藥師指導用藥。

專業(yè)技術人員取得執(zhí)業(yè)藥師職業(yè)資格，可認定其具備主管藥師或主管中藥師職稱，并可作為申報高一級職稱的條件，單位根據(jù)工作需要擇優(yōu)聘任。

藥店、藥企方面，普通職員一般是鼓勵考證，有證有獎金或者加薪；管理者和老板，或者法人，新GSP明確規(guī)定必須要有證，否則各種撤銷資格。企業(yè)質(zhì)量負責人應當具有大學本科以上學歷、執(zhí)業(yè)藥師資格和3年以上藥品經(jīng)營質(zhì)量管理工作經(jīng)歷；企業(yè)質(zhì)量管理部門負責人應當具有執(zhí)業(yè)藥師資格；企業(yè)法定代表人或者企業(yè)負責人應當具備執(zhí)業(yè)藥師資格。

2019年起，在個稅專項扣除的繼續(xù)教育里，執(zhí)業(yè)藥師證書已成為個人所得稅扣除項了，可申請每年3600元的個稅專項扣除。